W bieżącym roku Naukowe Koło Biochemiczne (NKB) podjęło się realizacji projektu badawczego, mającego na celu poznanie funkcji dotychczas nie scharakteryzowanego genu bakterii pałeczki okrężnicy. Z genomu Escherichia coli zostanie usunięty gen ybaJ. Do tego celu wykorzystamy system rekombinacji Lambda Red. Specjalnie skonstruowane szczepy bakteryjne, transformowane plazmidem pKD46, zawierają 3 geny faga λ, kodujące 3 białka (exo, bet i gam), które zapewniają homologiczną rekombinację między liniowym DNA a genomem gospodarza. Jest to metoda szybka, charakteryzująca się dużą wydajnością. Delecja genu zostanie przeprowadzona przy zastosowaniu produktu reakcji PCR. Jako matryca posłuży nam plazmid zawierający kasetę oporności na chloramfenikol. Specjalnie skonstruowane startery będą zawierać sekwencje homologiczne zarówno do sekwencji flankujących nasz gen jak i gen oporności na antybiotyk. Liniowy DNA (gen oporności na chloramfenikol oraz sekwencje homologiczne do nukleotydów otaczających interesujący nas gen) zostanie wprowadzony do komórki gospodarza przy użyciu elektroporacji. Selekcja transformantów odbędzie się na podłożach z dodatkiem antybiotyku. Zawierające mutacje bakterie zostaną poddane szczegółowej analizie (między innymi zmiany fenotypu, tempa wzrostu, przeżywalności w warunkach szoku termicznego i stresu oksydacyjnego). W przypadku uzyskania interesujących wyników przeprowadzona zostanie nadprodukcja białka w celu jego oczyszczenia i dokładniejszej charakterystyki. Wyniki naszych badań mogą okazać się cennym uzupełnieniem dotychczasowej wiedzy o Escherichia coli.

Escherichia coli

Bakteriofag lambda